Milcep K2 ‘de, telefon yazılımları ve ses kodlama yazılımları için kırmızı (açık bilgi) ve siyah (kapalı, kriptolu bilgi) ayrımına uygun olarak birbirinden bağımsız iki işlemci kullanılmaktadır.
Milcep K2 ‘de yer alan kripto modülü sökülüp takılabilir olarak tasarlanmıştır. Bu modülün sökülüp normal kapağın takıldığı durumda, telefon normal bir GSM telefonu gibi çalışmaktadır.
Milcep K2 üzerinde yer alan bütün yazılımlar TÜBİTAK UEKAE tarafından geliştirilmiş olup, açık kaynak kodlu LINUX işletim sistemi üzerinde çalışmaktadır. Telefonda, farklı haberleşme kanallarında çalışan güvenli haberleşme aygıtlarının birbiriyle görüşmesini sağlayan SCIP protokolü kullanılmaktadır.
